故事发生在圣斗士星矢等人与北欧神斗士的战斗之后。
星矢他们得知希路达的所作所为都是因波塞冬的“复仇戒指”所支配。圣斗士与神斗士的战斗终于画上了句号。但此时，纱织却被突如其来的海浪卷入巨大的漩涡，消失在星矢的眼前。
海皇波塞冬劫走了作为雅典娜化身的纱织，并在世界各地降下暴雨，引发了大规模的洪水与海啸，企图将人类抹杀，建立一个全是海洋的新世界。纱织醒来后，惊奇地发现原来眼前的波塞冬正是海商王的独生子、船王梭罗家族的继承人——朱利安▪梭罗。纱织在参加朱利安16岁生日宴会时与他见过一面。朱利安非常有才能，年仅十六岁就可以继承去世父亲的事业。同时，他也是海皇波塞冬的肉体。邀请雅典娜共同统治世界，被雅典娜拒绝。
雅典娜决定代替人类与大地承受暴雨的痛苦，于是在波塞冬的带领下进入了海底神殿八根擎海柱之一——生命之柱中，自愿成为“活人祭品”。
目光转向圣斗士们。星矢断定一定是波塞冬劫走了雅典娜，决定潜入海底神殿，救出雅典娜。从仙宫的记载中，星矢找到了海底神殿亚特兰蒂斯的位置，四小强先后来到海底。在海底神殿，海水就像天空一样悬在上方。
星矢、紫龙、冰河、瞬，以及后来赶到的一辉、莎尔娜及贵鬼，雅典娜的圣斗士们与波塞冬手下的海斗士、海将军展开了激战。凭着顽强的斗志的不灭的小宇宙，以及对雅典娜的绝对忠诚，他们击败了一拳就能将敌人击出海面的海马拜安，攻击十分恐怖的六圣兽伊奥，手持锋利黄金枪的海皇子克修拉，冰河的师兄、救过冰河一命的魔鬼鱼艾尔扎克，可以变化成人心中最重要的人的样子的“心之猎人”海怪卡萨等人。
最终，圣斗士终于来到了海皇神殿波塞冬的面前。但面对实力可怕的海皇波塞冬，星矢等人的圣衣纷纷解体。此时，留守圣域的黄金圣斗士们发现，早已牺牲的射手座黄金圣斗士艾俄罗斯，用自己强大的小宇宙，将射手座黄金圣衣送去支援星矢。可即使是射手座的黄金箭，也无法对波塞冬造成伤害，一次又一次反弹回来的黄金箭使星矢、紫龙等人纷纷受伤……
究竟少年们能否再次唤起奇迹，打败波塞冬，救出雅典娜呢?
而此时，北大西洋海将军海龙的身份被一辉揭开，他隐藏在背后的巨大阴谋也渐渐浮出水面……
